С началом войны все его санатории и дома отдыха были переоборудованы в госпитали, всесоюзная здравница стала одной из главных госпитальных баз страны. Уже в начале августа 1941 года было развернуто 20 госпиталей, а первый эшелон с ранеными прибыл сюда 9 августа. За год более 300 тысяч раненых солдат и офицеров были возвращены в строй.
В августе 1942 года немцы дошли до Кисловодска. Танки шли со стороны Подкумка и, форсировав реку, появились там, где сейчас пост ГИБДД на въезде в Кисловодск. Из воспоминаний очевидцев известно, что на железнодорожном вокзале немцы обнаружили эшелон наших раненых солдат. В связи с обострением обстановки на фронтах раненые и персонал госпиталей были эвакуированы, а 14 августа советские войска оставили город.
Гитлеровцы хозяйничали здесь практически полгода, установив жёсткий оккупационный режим: свыше 3 тыс. жителей Кисловодска, в том числе более 400 детей, были уничтожены. Остаётся только удивляться, что в этих условиях в городе на легальном положении действовали госпиталь и две больницы, где находились на излечении советские воины.
11 января 1943 года советские войска освободили Кисловодск от оккупантов. 30 марта пошли поезда по восстановленной железной дороге, и на Кисловодский вокзал вновь стали прибывать санитарные поезда с ранеными.
