С первых дней Великой Отечественной войны санатории, пансионаты, поликлиники, гостиницы Кисловодска были переоборудованы под госпитали. Уже в начале августа 1941 года было развернуто 20 госпиталей, а 9 августа в Кисловодск пришел первый санитарный поезд с ранеными. За год более 300 тысяч раненых солдат и офицеров были возвращены в строй.

В августе 1942 года в город вошли немецко-фашистские войска. Захватчики произвели массовое истребление раненых, интеллигенции города и еврейского населения. Тогда погибло более 2 тысяч человек. Их память увековечена в мемориальных комплексах: "Солдатам Родины", «Журавли», памятнике «Жертвам фашизма».

11 января 1943 года советские войска освободили Кисловодск от оккупантов. 30 марта пошли поезда по восстановленной железной дороге, и на Кисловодский вокзал вновь стали прибывать санитарные поезда с ранеными. Постепенно город восстанавливался, ему помогала вся страна. В конце января было уже открыто пять госпиталей, а к маю 1943 года функционировало 39. Кисловодск вторично стал крупной госпитальной базой страны. По данным военно-медицинского музея Министерства Обороны СССР, всего за годы войны кисловодские госпитали приняли более 600 тысяч воинов. Более 450 тысяч из них были возвращены в строй.